身份确认特殊的遗体包括未知名遗体、无人认领遗体。
(1)未知名遗体习惯上又称无名尸,是公安机关暂时无法确认逝者身份信息或尸源的常见称谓,通常见于遗体变化严重至无法辨别的情况,比如空难、工伤事故、突发事故、自然灾害等导致死亡后其破坏程度较高的遗体。无名尸有时通过法医病理学鉴定可以确定尸源，但也有些无名尸在法医病理学鉴定中,因无法达成匹对条件，不能确定其身份信息，最终成为无人认领遗体。
(2)无人认领遗体又称无主尸,分为两种情况:一种是经公安机关对现场及遗体查验后，证明逝者姓名不详,身份不明的遗体:另一种是逝者姓名、身份清楚,但亲属、单位在冷藏期放弃认领或不愿前往殡仪馆办理丧葬手续的遗体。无人认领遗体往往不能得到及时火化,长期冷藏积压在殡仪馆或太平间,且积存量呈逐年上升趋势，这类遣体的处理因涉及公安、卫生、民政等多个部门,故处理过程存在较大的难度,处理周期较长。目前针对此类遗体的处理,全国尚未出台统一的法规、规章,各地为解决无人认领遣体长期占用冷藏设备资源的情况，相继出台了一些地方性处置办法,对处置无人认领遗体起到了一定的积极作用。例如,广州市人民政府办公厅于2012年和2017年分别出台了《广州市无人认领尸体处理办法》和《广州市无人认领遗体处理办法》,针对无人认领遗体处理方面制定了具体的政策和处理规定,明确各部门职责,规范处置流程,减少了积压在殡仪馆长期无人认领的遗体，包括无名尸、无主尸，也包括因涉案、民事纠纷、家属弃管等各种原因短时间内无法解决而长期存放的遗体。这些地方性的处置办法避免了无人认领遗体长期占用大量公共资源,影响正常殡仪业务的开展;减轻了殡仪馆因大量遗体长期冷藏而产生的经济和设备负担;也为各地处理这类遗体提供了可借鉴的工作思路。